问题1.初级和次级质谱有什么区别？ 你什么时候做一个级别，什么时候做？

  答：初级质谱法主要是指胎儿指纹图谱（PMF），它使用质谱仪精确测量酶片段的分子量，并比较蛋白质以鉴定蛋白质。 二阶质谱基于一级质谱。 进一步破坏部分肽并分析片段并进行深度比较，鉴定肽的序列并与PMF的结果组合以鉴定蛋白质。 二级质谱可以获得具有更高可靠性的短序列的部分肽。 随着当前杂志对数据需求的增加，二级质谱是蛋白质鉴定的主要趋势，即使目前正在进行一级质谱分析，也需要选择一些PMF结果用于二级质谱。

  问题2.如果被研究的物种不是模式生物怎么办？

  答：您可以参考最新的模型生物进行相对鉴定，以实现成功的蛋白质鉴定。 如果质谱非常好并且没有鉴定结果，这是一种全新的蛋白质，可以通过de-novo和其他技术进行深入分析和鉴定。

  问题3.您如何评估质谱仪的质量？

  答：如果PMF得分超过60分（P <0.05），即使成功识别，但串联质谱，得分超过60分或者虽然不超过60分，但得分超过1分 肽得分超过30分。

  问题4.一些特殊的质谱方法有什么用？

  答：质谱的其他用途包括磷酸化位点分析，蛋白质测序，混合蛋白质鉴定（鸟枪技术），准确的分子量测定，二硫键位置分析等。

  问题5.什么染色方法更好？

  答：最好用考马斯亮蓝法进行染色，也可以进行银染，但鉴定成功率略低，建议通过串联质谱鉴定银染蛋白，大大提高成功率 。

  问题6.凝胶可以存放很长时间吗？ 如何维护？ 它会影响识别吗？

  答：如果储存时间超过一个月，可以用保鲜膜包好并放入冰箱。 如果不到一个月，可以保持在室温而不影响质谱鉴定效果。

  问题7.如何取胶点确定胶点？ 有什么预防措施？

  答：当取点时，切开0.2ml尖端的尖端，用移液管尖端将其切掉，然后将其转移到0.5ml离心管中。 用水反复冲洗凝胶两次，每次2-3次，最后吸干。 保留离心管中的所有水分帽。 离心管优选由进口离心管制成，以避免塑料污染; 水最好用去离子水或双蒸水; 在采取措施时戴上口罩和手套以避免角蛋白污染。

  问题8.凝胶可以存放很长时间吗？ 怎么保存？ 怎么运输呢？

  答：蛋白质凝胶可以长期保存而不影响质谱鉴定。 一般来说，如果在一到两周内，最好将其用保鲜膜包好并放入4度冰箱中。 如果储存超过一个月，取出蛋白质斑点并将其置于-20度或 - 80度冰箱不会影响随后的质谱鉴定。 在输送胶点时，可以在室温下运输，在三到五天内不会产生太大影响。

  问题9.如何取胶点来确定胶点？ 有什么预防措施？

  答：当取点时，切开0.2ml尖端的尖端，用移液管尖端将其切掉，然后将其转移到0.5ml离心管中。 用水反复冲洗凝胶两次，每次2-3次，最后吸干。 离心管中的所有水分帽都被存储和标记。 离心管优选由进口离心管制成，以避免塑料污染; 水最好用去离子水或双蒸水; 在采取措施时戴上口罩和手套以避免角蛋白污染。

问题10.如何选择一级和二级质谱？

  答：一级质谱的识别方法通常称为肽质量图（PMF），二级质谱的识别方法通常称为串联质谱。 早期蛋白质鉴定，由于鉴定成本，一般来说，用于测序生物的蛋白质的鉴定可以选择初级质谱，而非测序生物体通常选择二级质谱。 现在，二级质谱仪的价格大大降低，初级质谱仪与可靠性和鉴定成功率之间没有太大差别。 该公司通常直接推荐客户（无论是研究测序生物还是非测序生物）。 在不考虑肽指纹识别的情况下进行串联质谱分析。

  问题11.质谱鉴定的过程是什么，公司通常提供哪些数据？

  答：质谱分析主要包括三个步骤：蛋白质水解，质谱数据采集和库搜索。 对于每个蛋白质点鉴定，一般提供三种数据，包括：质谱（PDF格式，包括1个一级质谱和5-10个二阶质谱），质谱峰列表（文本格式，主要是Is） 一些质谱片段的信息），搜索结果（数据库以数据库或excel格式提供，由本地库提供本地化搜索，如果是Mascot在线搜索，则提供一般网页格式）。

  问题12.质谱失效的一般因素是什么？

  答：质谱鉴定不成功可分为两类。 一个是质谱不好，另一个是没有可以参考的蛋白质数据库。 质谱分析不好的原因可以细分为蛋白质含量太低的蛋白质点。 太低，蛋白质点太小，不利于操作，虽然它是通过双向电泳分离，但它是一种混合蛋白质点，蛋白质水解和质谱操作的一些蛋白质。 为了避免这些因素，有必要尽可能多地采用颜色较深的蛋白质斑点。 并且要采取的蛋白质点的面积需要适当更大（对于一些小但非常清晰的蛋白质斑点，在采取点时选择更大直径的喷嘴是合适的，并且没有必要采取 侧面的一些空白区域）避免摄取可能的蛋白质点，并具有丰富的酶质谱分析经验。 由于缺乏参考数据库而缺乏识别结果可以通过使用EST数据库替换更大的数据库并基于单一物种的蛋白质数据库构建局部质谱数据库来解决。

  问题13.串联质谱与质谱有什么区别？

  答：质谱鉴定通常使用软件自动检索和匹配现有数据库。 然而，质谱法需要基于质谱峰图中相邻或相似峰之间的分子量差异直接计算肽序列。

  问题14.未知蛋白质是通过质谱法还是蛋白质测序仪测序的？

  答：更简单的方法是质谱，样品价格不高。 每个实验室的具体价格不同，100-500元。 如果不能确定质谱，它也可以与N-末端测序组合。0个氨基酸。 两种数据结合分析基本上可以确定感兴趣的蛋白质，并且当前的蛋白质组数据库非常强大。